在上一集J（威尔·史密斯 Will Smith 饰）重新召回K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰）。而在四十多年后，这个鲍里斯就成为了地球
NASA在2005年的时候发现了一个太阳系外的类地行星，并判断其上可能存在智慧生命。为了能与外星智慧生物接触，NASA启动“灯塔计划”，在夏威夷启用深空通信阵列基地，向其发射高功率信号进行试探。几年后，外星飞船不期而至。身处夏威夷的太平洋联合海军演习舰队受命进行接触。男主角海军中尉阿历克斯（泰勒·克奇 Taylor Kitsch 饰）所在的导弹驱逐舰及其他两艘军舰被作为侦查小队，受命接触外星舰船。却因此受到攻击，损失惨重。由于外星舰船展开的护盾原因，联合舰队的其他舰船无法实施支援，完全只能靠自己苦苦支撑。
